Integrowana ochrona pszenicy przed agrofagami jest ważną częścią integrowanej produkcji tego, uprawianego w naszym kraju na dużej powierzchni gatunku rośliny. W programach integrowanej ochrony ważne miejsce zajmuje ochrona pszenicy przed sprawcami chorób, w której stosuje się w pierwszej kolejności wszystkie dostępne metody niechemiczne: agrotechniczną i hodowlaną, a w drugiej kolejności zabiegi chemiczne, w celu ograniczenia do niezbędnego minimum patogenów zagrażających pszenicy (Hani i wsp. 1998). Środki chemiczne wykorzystuje się dopiero wówczas, kiedy pozostałe niechemiczne metody nie pozwoliły na utrzymanie nasilenia chorób poniżej progów ekonomicznej szkodliwości. Sprawcy chorób w sprzyjających dla siebie warunkach agrometeorologicznych mogą powodować poważne straty ilościowe oraz jakościowe plonu ziarna z tego powodu wymagają ograniczenia.
Przystępując do zwalczania chorób lub ograniczania grzybów chorobotwórczych uwzględnia się wiele czynników które zapewnić mogą wysoką skuteczność podejmowanego zadania. W zależności od sprawcy choroby rozpatruje się różne sposoby likwidacji zagrożenia. Jeżeli są to grzyby związane z ziarnem podejmowane działania w integrowanej ochronie pszenicy skierowane będą, aby stosować do siewu zdrowy, kwalifikowany materiał siewny. W przypadku chorób podstawy źdźbła, liści czy kłosa znaczenia ma kompleksowe podejście do ochrony, zmierzające do tego, aby cały okres wegetacji uchronić te ważne organy rośliny przed porażeniem. Jest to możliwe wtedy, gdy dysponuje się wiedzą nie tylko o tym, które choroby występujące w pszenicy ozimej i jarej są ważne, ale znaczenie ma też znajomość warunków atmosferycznych sprzyjających rozwojowi poszczególnych gatunków grzybów. (Fiedorow i wsp 2004). Gdy wiemy, w jakiej temperaturze oraz wilgotności rozwija się grzyb chorobotwórczy i czy do swego rozwoju wymaga nasłonecznienia czy nie, to przewidzieć możemy z dużym prawdopodobieństwem jego obecność. Sprawcy chorób wymagają do swojego rozwoju najczęściej wysokiej wilgotności np. łamliwość źdźbła zbóż, septorioza paskowana liści, rdza brunatna pszenicy, fuzarioza kłosów. W odmiennych warunkach – dni suche i słoneczne – znaczenie na obecność np. sprawcy mączniaka prawdziwego, którego zarodniki konidialne uwalniają się i występują właśnie wtedy masowo. Patogeny powodujące choroby pszenicy mogą rozwijać się w bardzo szerokim zakresie temperatur, ale jest to uzależnione od gatunku grzyba.