Integrowana ochrona pszenżyta przed sprawcami chorób jest w dużym stopniu zależna od odporności lub tolerancji zastosowanej odmiany. Dzięki chechom bardzo dużej odporności niektórych odmian pszenżyta na mączniaka prawdziwego i rdzę brunatną można całkowicie zrezygnować ze stosowania chemicznej ochrony w okresie wegetacji. W Liście Opisowej Odmian COBORU (Centralnego Ośrodka Badań Odmian Roślin Uprawnych) podana jest charakterystyka odmianowa dla każdego gatunku zboża, co pozwala na odpowiedni dobór zgodnie z uwarunkowaniami plantacji. Stopień 9 w skali odporności oznacza, że odmiana ta jest całkowicie odporna. Skala odporności odmian jest określana dla większości sprawców chorób, liści i kłosa.
Przykłady odmian pszenżyta ozimego o podwyższonej odporności na poszczególne choroby:
choroby podstawy źdźbła: Bereniko, Borowik, Borwo, Fidelio, KWS Trisol, Pigmej, Pizarro, Maestezo, Tulus
mączniak prawdziwy: Agostino, Borowik, Pigmej, KWS Trisol, Pizarro, Maestezo, Tulus
rynchosporioza: Bereniko, Borwo, Fidelio, Pigmej, Pizarro, KWS Trisol, Maestezo
septorioza plew: Agostino, Bereniko, Borwo, Fidelio, Pizarro, Maestezo, Tulus
fuzarioza kłosa: Agostino, Bereniko, Borowik, Borwo, Fidelio, Pigmej, Tulus
rdza brunatna: Agostino, Bereniko, Borowik, Borwo, KWS Trisol, Maestezo, Pigmej, Pizarro, Tulus
Przykłady odmian pszenżyta jarego o podwyższonej odporności na poszczególne choroby:
choroby podstawy źdźbła: Andrus, Mieszko, Nagano
mączniak prawdziwy: Mieszko, Milkaro, Nagano
rynchosporioza: Dublet, Matejko, Nagano
septorioza plew: Andrus, Dublet, Mieszko, Milkaro
fuzarioza kłosa: Andrus
rdza brunatna: Andrus, Dublet, Matejko, Milkaro