Podstawą metody hodowlanej jest uprawa odmian odpornych lub, gdy takich brakuje, odmian tolerancyjnych. Korzystanie z niej w integrowanej ochronie jest bardzo ważne, ponieważ wyhodowane odmiany charakteryzują się zróżnicowaną odpornością na choroby. Na uwagę zasługuje szczególna odporność jęczmion na porażenie przez sprawcę mączniaka prawdziwego.
Znane są odmiany o dużej odporności, a niektóre odmiany są całkowicie odporne (imunne). Gdy wysiewa się odmianę odporną można zrezygnować ze zwalczania chemicznego mączniaka prawdziwego. Najlepiej jednak jest, gdy uprawiana odmiana jest jednocześnie odporna lub wysoce odporna na kilku sprawców chorób. Wiele informacji na temat odmian dostarcza COBORU (Centralny Ośrodek Badań Odmian Roślin Uprawnych). W wielu publikacjach podaje się dobór odmian do uprawy i za każdym razem zaznacza stopień odporności odmian na porażenie przez ważne choroby. Stopień 90 oznacza, że odmiana jest całkowicie odporna, a stopień 80, że jest wysoce odporna. Wskazane jest, by do uprawy wybierać takie właśnie odmiany. Gdy brakuje odmian odpornych należy wybrać odmianę o możliwie wysokiej odporności, wtedy odmiany nie są całkowicie porażane przez grzyb i choroba występuje tylko na pewnej części roślin.
Zaleca się wysiew kwalifikowanego materiału siewnego o wysokiej energii i zdolności kiełkowania. Ziarno (najlepiej frakcje powyżej 2,5 mm) musi być wolne od patogenów i jakichkolwiek uszkodzeń spowodowanych przez szkodniki.
Przykłady odmian jęczmienia ozimego o podwyższonej odporności na poszczególne choroby:
Mączniak prawdziwy: Antonella, Fridericus, Nickela
Plamistość siatkowa: Anotella, Henriette, Nickela, Souleyka
Rdza jęczmienia: Antonella, Henriette, Matilda, Nickela, Souleyka
Rynchosporioza: Antonella, Matilda, Nickela, Souleyka
Przykłady odmian jęczmienia jarego o podwyższonej odporności na poszczególne choroby:
Mączniak prawdziwy: Afrodite, Conchita, Kormoran, KWS Olof, Nagradowicki, Signora, Żeglarz
Plamistość siatkowa: Afrodite, Conchita, KWS Olof, Nagradowicki, Żeglarz
Rdza jęczmienia: Conchita
Rynchosporioza: Afrodite, Kormoran, KWS Olof, Nagradowicki, Signora