W celu ograniczania strat w plonach kukurydzy powodowanych przez choroby zalecane jest łączne stosowanie wielu metod zapobiegania ich występowaniu oraz zwalczaniu.
Podstawowe znaczenie na dobór odmian mniej podatnych na choroby, a także na szkodniki. Ważną rolę odgrywa agrotechnika. Wskazana jest uprawa kukurydzy w płodozmianie z innymi roślinami. Zmianowanie pozwala obniżyć nasilenie wielu chorób: zgnilizny korzeni i zgorzeli podstawy łodygi, głowni guzowatej, głowni pylącej i drobnej plamistości liści i niektórych innych agrofagów. Wskazany jest również dość wczesny siew kukurydzy, ale tylko wówczas gdy pozwala na to temperatura gleby. Staranna uprawa roli, optymalne nawożenie i terminowe wykonanie zabiegów pielęgnacyjnych stwarzają roślinie sprzyjające warunki wzrostu oraz podnoszą odporność.
Dla utrzymania dobrej zdrowotności roślin bardzo ważnym zabiegiem jest zwalczanie chwastów, bowiem na wielu gatunkach mogą rozwijać się patogeniczne grzyby i bakterie. Pod koniec czerwca i w lipcu wskazane jest wycinanie narośli głowni guzowatej (jeśli duże jest nasilenie tej choroby), a także wiech i kolb opanowanych przez głownię pylącą. Porażone organy roślin trzeba usuwać z plantacji i spalić. Po zbiorze kukurydzy słomę należy nisko skosić i pociąć na drobną sieczkę a rozdrobnione resztki pożniwne głęboko przyorać, by pozostałe zarodniki grzybów i bakterie nie mogły wiosną wydostać się na powierzchnię gleby.
Wskazana jest również bieżąca kontrola pojawu i występowania sprawców chorób polegająca na dokładnym oględzinom kilkunastu kolejnych roślin w rzędzie w pięciu miejscach plantacji. Wynik tej obserwacji jest ważny przy podejmowaniu decyzji o zabiegach mechanicznych.