Poprawna agrotechnika pozwala na znaczne ograniczenie zagrożenia ze strony sprawców chorób. Wykorzystując płodozmian, odpowiednie przygotowanie gleby, nawożenie zgodne z potrzebami pszenicy oraz wykonanie siewu we właściwym terminie i z optymalną ilością ziaren na metr kwadratowy zmniejsza niebezpieczeństwo obecności wielu grzybów chorobotwórczych.
Odpowiednio długie przerwy w uprawie roślin zbożowych przyczyniają się do utrzymania dobrej zdrowotności pszenicy. Grzyby powodujące choroby gromadzą się w glebie lub na jej powierzchni i gdy zboża uprawiane są tylko z krótką przerwą zwiększa się ich ilość do takiego poziomu, że stają się one przyczyną poważnych strat. (Smagacz 2007). Przerwa w uprawie sprawia, że brakuje możliwości przetrwania sprawcy choroby na resztkach pożniwnych, ponieważ zdążą się one zmineralizować. Najlepiej, gdy przerwa w uprawie pszenicy oraz innych zmian wynosi 3-4 lata, bo wtedy problem chorób np. podstawy źdźbła praktycznie nie istnieje.
Ograniczenie uprawy np. do uprawy powierzchniowej czy siew bezpośredni powoduje, że na takim polu zwiększa się zagrożenie obecności wielu chorób takich jak: łamliwość źdźbła zbóż, fuzaryjna zgorzel podstawy źdźbła i korzeni, zgorzel podstawy źdźbła, brunatna plamistość liści. Pełna uprawa płużna (podorywka, głęboka orka przed siewem) pozwala na dokładne i głębokie przykrycie resztek pożniwnych oraz istotnie zmniejsza możliwość porażenia pszenicy, a wykonanie zabiegów chemicznych nie jest wtedy konieczne.
Siew wykonany w optymalnym terminie pozwala roślinom na właściwy rozwój pszenicy ozimej jesienią i jarej w okresie wiosny. Zbyt wczesny siew ozimin powoduje, że rośliny silnie się krzewią, a na takich nadmiernie zagęszczonych polach ułatwiony jest rozwój mączniaka prawdziwego, rdzy , septorioz i fuzariozy, czego skutkiem jest zahamowanie rozwoju roślin oraz zmniejszenie odporności na działanie niskich temperatur. Porażenie roślin przy późnym siewie jest mniejsze, ale nie można ryzykować opóźnionego siewu, ponieważ słabe rośliny i nierozkrzewione mogą wymarzać w czasie zimy.
Ilość wysiewu decyduje o obsadzie roślin na polu. Gęste zasiewy powodują wzajemną konkurencję i osłabienie roślin a utrzymująca się w łanie większa wilgotność, związana z gęstym siewem, sprzyja rozwojowi sprawców chorób podstawy źdźbła, liści i kłosów. Gęstość siewu należy ustalić na podstawie masy tysiąca nasion, uwzględniając czynnik odmianowy, stanowisko i termin siewu. Przyjmuje się, że na 1 m2 należy wysiać od 450 do 600 ziarniaków.
Sposobem unikania zakażenia przez grzyby porażające liście i kłosy jest odpowiednia izolacja przestrzenna upraw pszenicy ozimej od jarej. Wskazane jest takie rozmieszczenie pól z pszenicami, aby zmniejszyć możliwość zakażenia form jarych przez oziminy rosnące w pobliżu lub bezpośrednim sąsiedztwie.
Ważna jest również likwidacja chwastów, które umożliwiają przetrwanie patogenów przyczyniających się do łamliwości zbóż, fuzarioz i zgorzeli podstawy źdźbła.