W integrowanej uprawie pszenicy wykorzystanie metody hodowlanej jest bardzo ważne. Opiera się ona na właściwym doborze odmiany odpornej lub tolerancyjnej na porażenie przez grzyby powodujące największe zagrożenie w polu uprawnym.
Odmiana powinna być dostosowana do warunków klimatycznych panujących w rejonie jej uprawy. Jeżeli jest to możliwe wybierać należy odmiany o jak największym podanym stopniu odporności. Do siewu polecić należy zwłaszcza odmiany, których odporność wynosi, co najmniej 8 stopni na porażenie przez kilku sprawców chorób. W skali tej 9 stopni oznacza, że odmiana jest odporna całkowicie, a 8 stopni że jej odporność na porażenie przez grzyby powodujące chorobę jest wysoka.
W integrowanej ochronie korzystna jest uprawa odmian o możliwie krótkim okresie wegetacji, bo w ten sposób można „uciec przed porażeniem przez grzyby”, jak również stosowanie do siewu odmian szybko kwitnących.
Stosowanie mieszanek międzyodmianowych pozwala na optymalne wykorzystanie zmiennych warunków siedliska oraz pozwala redukować porażenie roślin przez niektóre choroby np. mączniaka prawdziwego, zasiedlenie przez szkodniki np. mszyce, a także pozwala roślinom lepiej konkurować z chwastami.
Zaleca się wysiew kwalifikowanego materiału siewnego pszenicy ozimej o wysokiej energii i zdolności kiełkowania. Ziarno (najlepiej frakcja powyżej 2,5mm) musi być wolne od patogenów i jakichkolwiek uszkodzeń spowodowanych przez szkodniki. Zdrowy materiał siewny o wysokich parametrach jakościowych jest podstawowym czynnikiem ograniczającym szkodliwość wielu agrofagów.
Dopiero po wyczerpaniu powyższych możliwości można rozpatrywać czy i w jakiej formie zastosować środki chemiczne, które będą pozwalały na kontrolowanie stanu zdrowotnego plantacji.
Przykłady odmian pszenicy ozimej o podwyższonej odporności na poszczególne choroby:
Choroby podstawy źdźbła: Kepler, Kredo, Ostroga, Jenga, KWS Dacanto, Oxal, Skagen
Mączniak prawdziwy: Kepler, Kredo, Jenga, KWS Dacanto, Oxal, Skagen
Rdza brunatna: Kepler, Kredo, Ostroga, Jenga, KWS Dacanto, Oxal
Brunatna plamistość liści: Kepler, Kredo, Ostroga, Jenga, KWS Dacanto, Oxal, Skagen
Septorioza plew i liści: Kepler, Kredo, Ostroga, Jenga, KWS Dacanto, Oxal, Skagen
Fuzarioza kłosa: Kepler, Ostroga, Oxal, Skagen
Przykłady odmian pszenicy jarej o podwyższonej odporności na poszczególne choroby:
Choroby podstawy źdźbła: Partyzan, Tybalt, Raweta
Mączniak prawdziwy: Arabeska, Kandela, Katoda, Raweta, Tybalt
Rdza brunatna: Arabeska, Kandela, Katoda, Partyzan, Raweta, Tybalt
Septorioza plew: Kandela, Partyzan, Raweta, Tybalt
Septorioza liści: Katoda, Monsun, Tybalt