Poprawna agrotechnika pozwala na znaczne ograniczenie zagrożenia ze strony sprawców chorób. Wykorzystując płodozmian, odpowiednie przygotowanie gleby, nawożenie zgodne z potrzebami pszenżyta oraz wykonanie siewu we właściwym terminie i z optymalną ilością ziaren na metr kwadratowy zmniejsza niebezpieczeństwo obecności wielu grzybów chorobotwórczych.
Istotnym elementem agrotechnicznej metody jest prawidłowa lokalizacja uprawy, nie sąsiadująca z innymi gatunkami zbóż. Pszenżyto jest porażane przez patogeny obu rodzicielskich roślin – żyta i pszenicy, a bliskie sąsiedztwo Tych gatunków sprzyja przenoszeniu się zarodników i ułatwia infekcję.
Racjonalny dobór przedplonów pozwala ograniczyć źródło infekcji patogenów saprofitycznych, które mogą przeżywać na resztkach słomy.
Zalecane jest zachowanie odpowiednio długiej przerwy- minimum 3 letniej- w uprawie tego samego gatunku rośliny na tym samym stanowisku, aby ilość nagromadzonego inokulum uległa ograniczeniu.
Bardzo ważnym elementem metody agrotechnicznej jest zastosowanie pełnej orki, która przykrywając warstwą gleby resztki pożniwne, ogranicza kontakt saprotrofów z wschodzącymi, następczymi roślinami.
Termin siewu pszenżyta jest również ważnym czynnikiem, którym można w dużym stopniu kontrolować porażenie roślin przez patogeny. Wczesny siew przedłuża okres jesiennej wegetacji i naraża rośliny na częstszy kontakt z grzybami patogenicznymi, jednak większe opóźnienie siewu wpływa na ich słabszą kondycję przy wejściu w zimowanie, a słabiej rozwinięte rośliny gorzej znoszą niskie temperatury.
Optymalna ilość ziaren na metr kwadratowy jest również ważna, gdyż przy wysokiej normie wysiewu i gęstym łanie utrzymuje się wysoka wilgotność, która sprzyja zainfekowaniu pszenżyta m.in. przez grzyby rodzaju Fusarium.
Warto wspomnieć o odpowiednim dostarczaniu składników pokarmowych, nawożenie potasem i fosforem zwiększa odporność roślin na choroby, a nadmiar azotu, zwiększa podatność roślin na choroby infekcyjne.
Ważna jest również likwidacja chwastów, które umożliwiają przetrwanie patogenów przyczyniających się do łamliwości zbóż, fuzarioz i zgorzeli podstawy źdźbła.