Użycie do wysiewu odmian pszenżyta w pewnym stopniu odpornych na zasiedlenie i żerowanie niektórych szkodników w określonych warunkach ich występowania, stanowi ważny wkład do integrowanej ochrony pszenżyta przed szkodnikami.
Zaletą większości odmian pszenżyta ozimego jest ścisłe i zwarte przyleganie pochwy liściowej do źdźbła utrudniające zasiedlenie wnętrza pochwy liściowej przez mszyce i wciornastki. Hodowla odmian krótkosłomych o pożądanych cechach morfologicznych i anatomicznych może także ograniczyć szkody wyrządzone przez szkodniki zbożowe.
Niektóre odmiany charakteryzują się różnym stopniem pokrycia włoskami powierzchniowymi na liściach flagowych i kłosach. Nalot woskowy stanowi ważny czynnik odporności pszenżyta na mszycę zbożową.